Isso é que dá não ler com atenção ao tópico.
No final da primeira mensagem tem: Para quem não percebeu, isso é a coisa mais absurda que alguém pode fazer para resolver o problema de permissões num linux.

Na mensagem acima tem a resposta pro seu problema: rpm --setperms NOME_DO_PACOTE

No caso, você precisa fazer isso com todos os pacotes.
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Abraços,
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Não é programador; não é hacker
Formado em Direito pela UFPb
Usuário de Linux em tempo integral
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Eu acho que o texto induz a pessoa ao erro. Não estou a dizer que é propositado, mas se eu não conhecesse o que esse comando faz provávelmente entenderia que deveria usar o chmod 777/ -R