Uol quantas perguntas hein...
Bom pelo que entendi vc quer rodar uma aplicação web em um servidor Fedora!
Primeiro vc tem que instalar o LAMP(Linux Apache Mysql Php), hoje em dia creio que 90% dos servidores que rodam esses serviços no mundo são Linux.
O Fedora tem uma opção no início da instalação que vc marca e ele instala e configura algumas coisas e assim que finalizar a instalação os serviços estão prontos para usar.
A questão da segurança vai depender muito do que vc irá usar e ter cuidado com os serviços como ftp por exemplo, sem contar que deve ter cuidado com as os códigos que serão executados no servidor pois essa questão depende do administrador do servidor.
Quanto as regras referentes ao backups existem vários caminhos desde aplicativos complexos e completos quanto apenas regras que vc coloca para o cron executar.
Sugiro que vá fazendo uma pesquisa de cada vez para não achar que são tantas coisas para fazer, começe pesquisando aqui na comunidade existem muitos posts sobre lamp que podem lhe ajudar e a galera aqui é muito prestativa caso precise.
Grande abraço. _________________ Agora lembre-se que se este post estiver resolvido edite o título e adicione a tag
[RESOLVIDO]